Заповедник "Шульган-Таш" создан для сохранения бурзянской бортевой пчелы в условиях уникального древнего промысла - бортевого пчеловодства. Выделили под охрану горную тайгу между Белой и Нугушом, где башкиры сотни лет занимались бортничеством. В этих краях еще остались в лесах борти и дикие пчелы. Пчелу ласково называют "бурзянкой".
Беспокоятся за ее будущее, поэтому в заповеднике создана матковыводная пасека, где ведется племенная работа и обеспечивается воспроизводство бурзянской пчелы. На территории заповедника есть возможность изучения пчелы в условиях естественных дупел. Имеются ульевые и колодные пасеки, а также бортевые угодья в нетронутой природе с дикими лесами.
Здесь находится уникальная пещера Шульган-Таш (Капова), где в 1959 году зоологом А.В. Рюминым были обнаружены наскальные рисунки древнего человека, имеющие возраст 14-17 тысяч лет. Её красные мамонты, лошадки, носороги, как посланцы ушедших эпох, словно древние лампадки, освещают мрак подземного мира и бездну прошедших тысячелетий. Находиться на территории заповедника можно только с разрешения администрации учреждения (пропуск, входной билет).
Музейно-экскурсионный комплекс заповедника работает ежедневно с 11.00. до 17.30., без выходных и праздничных дней. Если в первый год работы комплекса его посетило 3 953 человека, то теперь ежегодно регистрируется 35-39 тысяч посетителей. Для тех, кто приехал издалека, и планирует подольше погостить в заповеднике, имеются теплые гостевые дома. Рядом с домами расположены беседки и мангалы. Вечером можно попариться в бане с березовыми и дубовыми вениками.