Министерство сельского хозяйства Республики Башкортостан регулирует производство, переработку и реализацию сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия, продовольственного рынка, обеспечивает агропромышленный комплекс материально-техническими ресурсами, обеспечивает безопасность пищевых продуктов и качество сельскохозяйственной продукции, а также содействует развитию инвестиционной деятельности, производственной, социальной и инженерной инфраструктуры, обеспечивает социальную защиту работников и охрану труда в агропромышленном комплексе Башкортостана.