Департамент является органом исполнительной государственной власти Вологодской области по реализации полномочий в области поддержки сельскохозяйственного производства, управления племенным животноводством, семеноводством, мелиорации земель, ветеринарии, формирования и регулирования рынка сельскохозяйственной продукции, сельскохозяйственного сырья, продовольствия, а также государственного регулирования торговой деятельности.
Вологодская область - одна из наиболее экономически развитых индустриально-аграрных районов Северо-Запада России. Агропромышленный комплекс Вологодской области - это современное животноводство, льноводство, широкий спектр молочной, мясной продукции, производство хлебобулочных, кондитерских, ликероводочных изделий, переработка ягод, грибов. Область является родиной промышленного маслоделия и "Вологодское масло" - ее визитная карточка. История вологодского маслоделия насчитывает 130 лет, на протяжении которых совершенствовалась технология производства масла. С 2010 года только вологодским маслоделам предоставлено исключительное право производства "Вологодского масла".