Основными направлениями деятельности института являются научное обоснование биологизации и экологизации растениеводства; мониторинг фитосанитарной и экотоксикологической обстановки в агробиоценозах и создание системы прогнозов опасных фитосанитарных ситуаций; разработка принципов регуляции биоценотических механизмов агроэкосистем; создание и внедрение новых, высокоэффективных экологически безопасных и малоопасных средств и методов защиты растений; исследования эффективности и биобезопасности генномодифицированных сельскохозяйственных культур.