Целями деятельности Департамента являются реализация государственной аграрной политики в г. Севастополе, направленной на создание условий для устойчивого развития сельскохозяйственного производства и сельских территорий, их стабильное социально-экономическое развитие, увеличение объема производства сельскохозяйственной продукции, повышение эффективности сельского хозяйства, достижение полной занятости сельского населения и повышения уровня его жизни, рациональное использование земель, координация и оптимизация процессов осуществления полномочий по осуществлению государственного земельного, фитосанитарного и ветеринарного надзора, надзора за техническим состоянием самоходных машин и других видов техники.