ВНИИ коневодства осуществляет научно-технологическое обеспечение коневодства и коннозаводства, является селекционным и информационным центром, ведет централизованный племенной учет, издает государственные книги племенных лошадей. Проводит генетические исследования и экспертизу происхождения лошадей, включая ДНК-контроль.
Осуществляет экономический мониторинг и разработку отраслевых программ развития коневодства России, подготовку научных кадров.