Основные направления деятельности Института:
- микробное разнообразие и его ресурсы;
- физиолого-биохимический потенциал микроорганизмов во взаимодействии с окружающей средой;
- молекулярные механизмы функционирования генетических систем микроорганизмов;
- использование микроорганизмов в биотехнологии.