Главное командование Военно-Морского Флота предназначено для руководства строительством и подготовкой Военно-Морского Флота, обеспечения реализации Министерством обороны Российской Федерации полномочий по руководству морской деятельностью в интересах решения оборонных задач, организации эксплуатации боевых кораблей и судов вспомогательного флота, гидрографических судов и другого вооружения, военной, специальной техники и другого имущества Военно-Морского Флота, и специальных видов обеспечения Военно-Морского Флота.