Одними из основных направлений деятельности института сегодня является разработка и создание автоматизированных комплексов связи и систем управления для флота и проектирование объектов связи берегового базирования с перспективой комплексного оснащения этих объектов средствами и комплексами связи, спроектированными и выпущенными под торговой маркой НИИ "Нептун".