ФГУП "ЦЭНКИ" является ведущим предприятием ракетно-космической отрасли РФ. Основными направлениями деятельности предприятия являются:
- эксплуатация и развитие объектов космодромов РФ,
- авиационное обеспечение функционирования космодрома "Байконур",
- проведение НИОКР, по совершенствованию и развитию НКИ РФ,
- планирование и обеспечение запусков КА в интересах МО РФ, выполнение Федеральной космической программы, целевых космических программ и программ международного сотрудничества РФ,
- поставка, хранение и подготовка компонентов ракетного топлива,
- выбор, обоснование трасс запуска космических аппаратов районов падения ОЧ РН.