Главными принципами деятельности СО РАН, заложенными с начала его организации, стали: комплексность научных исследований, интеграция науки и образования, активное содействие реализации научных достижений.
Сибирское отделение РАН осуществляет научно-методическое руководство 79 научно-исследовательскими институтами, работающими в области математики и информатики, энергетики, механики и процессов управления, нанотехнологий и информационных технологий, в области физики, химии, биологии, наук о Земле, экономических и гуманитарных наук, а также междисциплинарных исследований на стыке наук.