Главное управление начальника Железнодорожных войск предназначено для организации мероприятий по обеспечению реализации Министерством обороны Российской Федерации полномочий в части технического прикрытия, восстановления, разминирования и заграждения участков (объектов) инфраструктуры железнодорожного транспорта Российской Федерации в зоне ответственности Вооруженных Сил, повышения ее живучести и пропускной способности, а также планирования осуществления наведения и эксплуатации наплавных железнодорожных мостов.