Управление осуществляет координацию и выполняет функции заказчика при выполнении всех видов природоохранных работ на территории города, осуществляемых для нужд Администрации Санкт-Петербурга.
Управление организует ликвидацию радиационных и ртутных, химических загрязнений, обеспечивает работу городских природоохранных аварийно-диспетчерских служб, очистку рек и каналов города от донных и наплавных загрязнений, проведение эколого-геохимических и радиометрических обследований территорий и объектов города.
Управление реализует программы по экологическому просвещению, образованию и воспитанию населения.