Осуществление функций государственного управления и контроля.
Координация деятельности территориальных органов федеральных органов исполнительной власти Санкт-Петербурга и Ленинградской области, а также предприятий, учреждений и организаций, осуществляемая на коллегиальной основе.
Осуществление мониторинга источников антропогенного воздействия на окружающую природную среду и мониторинга животного и растительного мира (кроме лесов).
Формирование региональной нормативной правовой и инструктивно-методической базы и проведение единой научно-технической политики Ленкомэкологии.
Регулирование природопользования в целях охраны окружающей среды.
Проведение государственной экологической экспертизы.
Осуществление государственного экологического контроля.
Обеспечение населения, органов государственной власти Санкт-Петербурга и Ленинградской области и органов местного самоуправления экологической информацией.
Управление объектами природно-заповедного фонда, находящимися на территории Санкт-Петербурга и Ленинградской области и подведомственными Госкомэкологии России, участие в ведении Красной книги Российской Федерации, ведение Красной книги Санкт-Петербурга и Ленинградской области, участие в формировании системы особо охраняемых природных территорий.
Участие в реализации обязательств Российской Федерации, вытекающих из членства России в международных организациях и международных договорах, осуществление международного сотрудничества.