Руководитель - Олег Станиславович Лебедь. Заместитель руководителя в области охраны окружающей среды - Борис Борисович Леднев.
Главное управление природных ресурсов и охраны окружающей среды по Санкт-Петербургу и Ленинградской области является территориальным органом Министерства природных ресурсов Российской Федерации областного уровня, осуществляющим полномочия государственного органа управления государственным фондом недр, специально уполномоченного государственного органа управления использованием и охраной водного и лесного фондов и специально уполномоченного государственного органа в области охраны окружающей природной среды, объектов животного мира и среды их обитания на территории Санкт-Петербурга и Ленинградской области.