Управление осуществляет координацию всех видов природоохранной деятельности, проводимой на территории Санкт-Петербурга, организует проведение эколого-геохимических и радиометрических обследований территории города и предприятий, обеспечивает ликвидацию выявленных техногенных загрязнений.
Управление выполняет функции заказчика при проведении природоохранных работ в наземной, водной и воздушной средах.
Осуществляется методическое руководство экологическими службами районных администраций.
Управление участвует в реализации программ по экологическому образованию и воспитанию населения.