Основан в 1991 году.
Цели деятельности организации - формирование экологической культуры, формирование сектора потребительского рынка экологически безопасной продукции.
В 2001 году запущен проект экомаркировка "Листок жизни" - первая и пока единственная российская экомаркировка, разработанная на уровне требований стандартов серии ISO 14000 и гарантирующая на основании экспертизы экологическую безопасность продукции.
Основные цели такой сертификации: предоставить потребителю достоверный критерий выбора качественной, экологически безопасной продукции.
В 2007 году СПбЭС вступил в члены GEN - "Глобальная Сеть Экомаркировки".
В декабре 2007 года Экологический союз был принят в члены IFOAM - Международной Федерации Экологического Сельского Хозяйства.