В Агинском медицинском училище реализуются 53 образовательные программы. Учреждение имеет статус окружной экспериментальной площадки и работает над проблемой интеграции традиционной европейской и тибетской медицины. Основы тибетской медицины, траволечение, мануальная терапия включены в учебный план.
Преподавателями работают учёные, практикующие врачи-тибетологи из Монголии, Тибета, Индии.