Министерство образования и науки Самарской области утверждено постановлением Губернатора в 2004 году. Руководит Министерством Д. Е. Овчинников. С 1999 года в области идёт процесс комплексной модернизации системы образования, включающий изменение содержания образования, реструктурирование сети образовательных учреждений, изменение принципов управления и финансирования, перестройку системы профессионального образования всех уровней под обеспечение потребностей экономики региона высококвалифицированными кадрами. С 2002 года в области проводится федеральный эксперимент по организации управления образованием на основе создания образовательных округов. С 2007 года в соответствии с постановлением Правительства Самарской области проводится эксперимент по апробации новых механизмов оплаты труда работников общеобразовательных учреждений. С 2007 года МОиН Самарской области в числе 21 регионов-победителей КПМО получило 4,05 млрд. рублей из федерального бюджета на софинансирование региональных проектов.