Институт организован в 1930 году и в настоящее время является головным селекционным центром по работе с основными заводскими породами лошадей в России, координатором научного обеспечения коневодства страны и стран СНГ, членом многих международных коневодческих и исследовательских обществ. ВНИИ коневодства ведёт подготовку и издание госплемкниг на основании Положения о централизованном племенном учёте в коневодстве от 17.01.92 и руководствуется законом Российской Федерации "О племенном животноводстве" по следующим породам: чистокровной верховой, арабской, ахалтекинской, будённовской, донской, терской, тракененской, ганноверской, голштинской, стандартбредной, русской и орловской рысистым; русской, советской, владимирской и першеронской тяжеловозным породам, шетлендским пони.
Электронная централизованная база данных Института связана с локальными базами данных коневладельцев, ипподромов и международных организаций. Российские госплемкниги пород международного значения и распространения - арабской, ахалтекинской, тракененской, чистокровной верховой - признаны международными ассоциациями, что открывает новые возможности рынка. ВНИИК имеет лицензии на право деятельности: центра информационного обеспечения племенного коневодства, по искусственному осеменению лошадей, по племенной работе в коневодстве; наделён ИСКЛЮЧИТЕЛЬНЫМ правом:
выдавать племенные свидетельства (паспорта);
выписывать экспертные сертификаты;
проводить иммуногенетическую экспертизу;
присваивать клички лошадям или изменять их;
выдавать лицензии на жеребцов-производителей;
составлять и издавать племкниги, регистры и дополнения к ним по перечисленным породам.
С момента организации института им выполнены фундаментальные научные разработки, широко внедрённые в практику коневодства.
При непосредственном участии учёных института выведено и усовершенствовано 15 высокопродуктивных пород лошадей.
Институт проводит послевузовскую подготовку кадров через аспирантуру по специальностям: разведение, селекция, генетика и воспроизводство сельскохозяйственных животных, частная зоотехния, технология производства продуктов животноводства, экономика и управление народным хозяйством.
При институте действует диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций, школа повышения квалификации специалистов коневодства; имеются кумысная ферма, конноспортивная секция и детский пони-клуб - обеспеченные левадами, всепогодной дорожкой, ипподромом и манежем.