Кабинетом Министров Республики Казахстан, в целях подготовки и организации лечебно-эвакуационного, медико-санитарного и противоэпидемического обеспечения населения в ЧС, было принято постановление от 27 сентября 1994 года "О создании Службы экстренной медицинской помощи Республики Казахстан в чрезвычайных ситуациях".
Приказом Министерства здравоохранения от 14 декабря 1994 г. © 473 создан Республиканский научно-практический центр экстремальных и медико-биологических проблем МЗ РК на базе НЦХ им. А.Н. Сызганова.
В дальнейшем приказом Минздрава РК от 9.04.1997 г. он был переименован в Центр Медицины Катастроф МЗ РК, в том же году для его размещения было выделено помещение в павильоне ГКБ © 7.
В настоящее время - это ведущее головное подразделение службы координирующее её деятельность в областях РК, где также созданы 1 городской и 9 областных Центров Медицины Катастроф.
За время существования "Центр Медицины Катастроф" МЗ РК участвовал в медико-санитарном обеспечении населения при ЧС на железнодорожном транспорте, при крупных дорожно-транспортных происшествиях, землетрясений в Джамбульской области, а также в учениях силовых министерств и ведомств.
"Центр Медицины Катастроф" МЗ РК входит в состав Корпуса Сил СНГ, работает в тесном контакте с Всероссийским Центром медицины катастроф "Защита".
27 сентября 2004 года исполняется 10 лет ГУ "Центр Медицины Катастроф" МЗ Республики Казахстан.