Основной целью деятельности учреждения является реализация полномочий органов государственной власти Оренбургской области в сфере охраны здоровья граждан в части оказания первичной медико-санитарной медицинской помощи, специализированной, в том числе высокотехнологичной медицинской помощи по профилям: "Отоларингология", "Абдоминальная хирургия", "Челюстно-лицевая хирургия", "Трансплантация".
В учреждении действует центр трансплантации органов. В структуру центра также входит мобильная группа по координации донорства. В центре проводятся высокотехнологичные операции по трансплантации почки от живого родственного донора, трансплантации почки от трупного донора, трансплантации поджелудочной железы, панкреатодуоденального комплекса, мультиорганные донорские эксплантации, весь спектр сосудистых операций по формированию и реконструкции сосудистого диализного доступа, имплантации перитонеальных катетеров для ПД-диализа, а также операционная подготовка пациентов для постановки в "лист ожидания". В центре проводится стационарное, амбулаторное лечение и ведение всех состояний у пациентов с пересаженными органами (в том числе пациенты с пересаженным сердцем, печенью, комплексом сердце-легкое).