История университета начинается с 1931 года, когда в бывшем Козлове по инициативе И.В. Мичурина был организован институт селекции плодово-ягодных культур. Базой для открытия института послужил созданный в Козлове крупный научный центр по плодоводству, в который вошли Центральная генетическая лаборатория им. И.В. Мичурина, Научно-исследовательский институт плодоводства и пригородные плодово-ягодные совхозы.
В постановлении Коллегии НКЗ СССР от 20 августа 1931 г. отмечалось, что "эта база является наилучшей для подготовки новых кадров".
Сегодня агроуниверситет стал одним из инициаторов объединения всех научных сил Мичуринска в единое целое, что послужило основой в присвоении городу статуса наукограда. Эта идея нашла поддержку в Правительстве и в администрации Президента России, она рассмотрена на самом высоком уровне и решена положительно. Мичуринск является первым наукоградом в агропромышленном комплексе, и именно Мичуринскому ГАУ отведена ответственнейшая роль - быть учебно-научным центром, готовящим квалифицированные кадры для НИИ, производства и агробизнеса.
Мичуринский ВУЗ, по сути, это единственное в своем роде высшее учебное заведение в России. Сегодня его главной особенностью является наличие системы непрерывного агробизнес-образования и комплекса направлений для развития сельских территорий, охватывающих всю систему агропромышленного комплекса и развитие местной инфраструктуры.
Это стало возможным после объединения под эгидой Мичуринского ГАУ разно профильных учебных заведений Мичуринска-наукограда: педагогического института и двух колледжей - пищевой промышленности и аграрного. Союз ВУЗов позволил создать вертикально-интегрированную систему непрерывной подготовки кадров для сферы АПК.
Мичуринский ГАУ успешно прошел конкурсный отбор по программе развития инновационной инфраструктуры. В университете работают центр трансфера технологий, центр коллективного пользования научным оборудованием, 2 технологических стационара и агробиостанция, бизнес-инкубатор, малые инновационные предприятия.