Миссия Красноярского государственного аграрного университета в составе ВС НОПЦ заключается в создании нового поколения высококвалифицированных специалистов агропромышленного комплекса, лидеров инновационной, производственной и предпринимательской деятельности, научной и профессиональной элиты во благо социально-экономического развития Сибирского региона и страны в целом.
Миссия опирается на три базовых принципа: элитность, ориентированность на развитие АПК Сибири и других регионов Российской Федерации; международная деятельность.
На основе стратегических задач и утвержденной Правительством Красноярского края технологической платформы "Продовольственная безопасность Сибири" разработана Концепция и Программа развития КрасГАУ и определены основные приоритетные направления развития до 2020 г.:
1.Развитие научно-инновационного, образовательного пространства в Восточной Сибири и международной деятельности.
2.Формирование единой научно-образовательной и производственной системы аграрного образования в Восточной Сибири.
3.Формирование системы воспитательной работы и молодежной политики красноярского государственного аграрного университета.
4.Формирование единого информационного пространства в системе аграрного образования Восточной Сибири и зарубежных стран.
5.Формирование системы дополнительного профессионального образования Восточной Сибири.
В университете разработаны локальные положения, соответствующие нормативным документам Министерства образования и науки РФ, Министерства сельского хозяйства РФ и Уставу КрасГАУ.