Центр является ведущим учреждением Республики Башкортостан в области пчеловодства и апитерапии. Основные направления деятельности центра:
- сохранение и расширение ареала обитания башкирской популяции среднерусской породы пчел, выведение пчел нового высокопродуктивного породного типа "Башкирский" среднерусской породы;
- выявление в Башкортостане природных зон для производства высококачественных, экологически чистых продуктов пчеловодства;
- разработка и производство новых пищевых продуктов, парфюмерно-косметических изделий на основе продукции пчеловодства и лекарственных трав.
При ГУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии создан крупный селекционный центр с шестью научно-экспериментальными станциями по пчеловодству, имеющими 54 пасеки с количеством более 5000 пчелиных семей. Пасеки селекционного центра имеют лицензию Министерства сельского хозяйства Российской Федерации на статус племенного завода по разведению в чистоте башкирской популяции среднерусской породы пчел.
В ГУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии разработано и выпускается более 50 видов лечебно-профилактических, пищевых продуктов и косметических изделий на основе продукции пчеловодства, многие из которых награждены дипломами и медалями международных и российских выставок.