СНИИГГиМС организован в г. Новосибирске приказом Министерства геологии и охраны недр СССР от 17 сентября 1957 г. No 471. За более чем сорокапятилетний срок своего существования институт внёс весомый вклад в создание минерально-сырьевой базы Сибири. Он стоял у истоков открытия Западно-Сибирской нефтегазоносной провинции и докембрийской нефти на Сибирской платформе. В настоящее время СНИИГГиМС является крупнейшим за Уралом комплексным научно-исследовательским институтом МПР РФ.