Основная деятельность осуществляется в рамках Федеральной космической программы России.
НТЦ КМЗ выполняет функции Оператора космических систем дистанционного зондирования Земли (ДЗЗ).
В составе НТЦ КМЗ функционирует Научный центр оперативного мониторинга Земли (НЦ ОМЗ), который выполняет полный технологический цикл по планированию, приему, обработке, архивации, каталогизации и распространению космической информации с российских и зарубежных космических аппаратов ДЗЗ.