Институт микробиологии МО РФ - одно из старейших научно-исследовательских учреждений страны, занимающихся разработкой медицинских средств защиты войск и населения от особо опасных инфекций. Основу научно-технического потенциала НИИ микробиологии МО РФ составляют современное экспериментальное оборудование, развитая научно-методическая база и высококвалифицированный кадровый состав учёных и специалистов.
В НИИ микробиологии МО РФ проводятся исследования по созданию новых профилактических и лечебных препаратов с использованием генно-инженерных методов получения новых, более продуктивных штаммов-продуцентов биологически активных соединений. Решаются проблемы внедрения их в производство путём разработки и совершенствования биотехнологических процессов, а также вопросы привязки современных технологий к отечественному сырью и промышленному оборудованию.
НИИ микробиологии МО РФ выпускает и реализует медицинские иммунобиологические препараты для профилактики, диагностики и лечения особо опасных инфекций, а также микробиологические питательные основы и среды для здравоохранения, сельского хозяйства и промышленной микробиологии.