В ГУ ТГМА работает 5 факультетов: лечебный, стоматологический, педиатрический, фармацевтический, и факультет последипломного образования. В академии имеется специализированный Ученый Совет для защиты кандидатских диссертаций по специальностям: кардиология, хирургия, стоматология и докторских - по специальности кардиология.