РФТР образован в 1992 году Указом Президента России "О неотложных мерах по сохранению научно-технического потенциала Российской Федерации". Средства Фонда направляются на финансирование научно-исследовательских и экспериментальных работ только на возвратной основе. В первую очередь финансируются проекты, соответствующие приоритетным направлениям развития науки и техники и критическим технологиям федерального уровня.