Наряду с фундаментальными исследованиями в области физики высоких энергий, ускорительной техники, физики плазмы ИЯФ СО РАН уделяет большое внимание работам прикладного направления. В их числе разработка и изготовление мощных ускорителей электронов для промышленного применения, развитие электронно-пучковых технологий на базе этих ускорителей, разработка и изготовление оборудования медицинского назначения и т.д.