Институт коневодства организован в мае 1930 года. Со времени создания института на него возложена разработка методов улучшения качества конского поголовья, научно обоснованных технологий его воспроизводства, повышения эффективности использования лошадей и другие задачи по развитию отрасли.
Учитывая большой вклад института в практику отечественного коннозаводства, он в 1978 году приказом Министра сельского хозяйства СССР утверждён селекционным центром по верховым, рысистым и тяжелоупряжным породам лошадей. Институт является координатором научного обеспечения и развития коневодства России и стран СНГ, членом многих международных коневодческих и исследовательских обществ. При непосредственном участии учёных института выведено 14 новых пород лошадей, в том числе в 2000 году - новоалтайская, 50 линий и 10 внутрипородных типов. В 1992 Минсельхоз России поручил ВНИИ коневодства ведение централизованного племенного учёта по 15 основным заводским породам лошадей: чистокровной верховой, арабской, терской, ахалтекинской, донской, будённовской, тракененской, ганноверской, орловской, русской, стандартбредной рысистым, владимирской, першеронской, русской, советской тяжеловозным. В соответствии с этим поручением селекционеры института на основе банка данных первичного зоотехнического учёта регулярно готовят и издают очередные тома госплемкниг, дополнения к ним и регистры, проводят оценку жеребцов-производителей по качеству потомства, выдают паспорта на племенных лошадей и экспортные сертификаты. Госплемкниги пород международного значения и распространения - арабской, тракененской, чистокровной верховой - признаны международными ассоциациями. По этим и ряду других пород проводится обязательная иммуногенетическая экспертиза достоверности происхождения лошадей. Институт является единственной организацией в России, которая выдаёт документы на племенных лошадей. За последние годы значительно расширилась сеть опорных пунктов и региональных инспекторов института, что помогает оперативно руководить селекцией основных заводских пород лошадей.
Разработанная в институте информационно-поисковая система "Кони", включающая централизованную базу данных ВНИИ коневодства позволила вести племенной учёт в соответствии с мировыми стандартами и успешно решить задачу интеграции отечественного коневодства в международные организации. В институте разработаны научно обоснованные системы тренинга верховых и рысистых лошадей, нетрадиционные методы определения уровня тренированности и прогнозирования работоспособности. Разработаны и внедрены методы искусственного осеменения кобыл, трансплантации эмбрионов и сохранения семени жеребца в глубокозамороженном состоянии в течение длительного времени. В настоящее время в банке семени ВНИИ коневодства хранится около 2000 доз спермы выдающихся жеребцов-производителей 11 заводских пород. Изучена мясная и молочная продуктивность лошадей разных пород, разработаны методы раздоя кобыл, технология производства кумыса высокого качества. Разработанные в институте новые конструкции конных повозок разных типов, в том числе самосвальные, повышают производительность труда ездового в 2-2,5 раза. Сконструирована установка ДДУ-2 для машинного доения кобыл на кумысных фермах. Широкое признание специалистов получил разработанный в институте метод таврения лошадей холодом.
С 2001 года информационный портал ВНИИ коневодства обеспечивает информацией коневладельцев и любителей лошадей через Интернет. Институт проводит послевузовскую подготовку научно-педагогических кадров высшей квалификации через аспирантуру. В институте действует диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций и школа повышения квалификации специалистов коневодства и конного спорта. Ежегодно институтом проводятся:
координационные совещания по научно-исследовательской работе в коневодстве;
конференции по проблемам разведения лошадей заводских пород;
международные соревнования и чемпионат мира для ахалтекинцев;
чемпионат Рязанской области по конному спорту, этап чемпионата России по троеборью, всероссийские испытания молодняка спортивных пород по зонам страны.