Основными направлениями деятельности ОАО "НИИ "Атолл" являются разработка, серийное изготовление и сервисное обслуживание продукции военного и гражданского назначения, в том числе:
- гидроакустических систем освещения подводной обстановки;
- интегрированных систем мониторинга зон высокой ответственности;
- сейсмоакустических периметровых средств охраны;
- технических средств для оборудования контролируемых подводных районов.
Институт выполняет фундаментальные и прикладные НИОКР по заказу ВМФ РФ и в рамках федеральных целевых программ.
Институт располагает единым научно-производственным комплексом, включающим:
- научно-исследовательские подразделения.
- производство, аттестованное для изготовления серийных и опытных изделий.
- испытательную лабораторию для проведения климатических, гидравлических, механических и иных испытаний.
- гидроакустический полигон на Иваньковском водохранилище.