Институт, созданный в 1932 году, является старейшим в Сахалинской области научным учреждением.
Институт проводит комплексные исследования по изучению биологических ресурсов сырьевой базы рыболовства в Сахалино-Курильском регионе с использованием информационных технологий.
С начала 90-х годов в дополнение к традиционным исследованиям СахНИРО приступил к решению задач, связанных с прибрежным рыболовством и морскими нефтеразработками на шельфе Сахалина.