Институт проводит исследования, связанные с определением масштабов и направленности различного рода техногенных воздействий на экосистемы водоемов, оценивает размер ущерба, наносимого водным биоценозам. Специалисты НИИ ЭРВНБ особое внимание уделяют искусственному воспроизводству ценных видов рыб (осетровые, нельма, пелядь).