Основные направления деятельности института: прудовое и индустриальное рыбоводство; новые объекты рыбоводства и акклиматизации; корма и кормление рыб; генетика, селекция, токсикология; болезни рыб; механизация и автоматизация процессов рыбоводства и рыболовства во внутренних водоемах России.