Основными направлениями исследований института являются: научное обоснование биологизации и экологизации растениеводства; мониторинг фитосанитарной и экотоксикологической обстановки в агроценозах и создание системы прогнозов опасных фитосанитарных ситуаций; разработка научных принципов регуляции биоценотических механизмов агроэкосистем; создание и внедрение новых, экологически безопасных и малоопасных средств и приемов защиты растений; исследования эффективности и био-безопасности трансгенных сельскохозяйственных культур.
В институте работают 240 человек, в том числе более 100 научных сотрудников, из них 10 докторов и 40 кандидатов наук. Функционируют 16 лабораторий, 2 сектора, 4 опорных пункта.