Основными сферами деятельности МО ПНИЭИ являются:
- разработка средств криптографической защиты информации (СКЗИ);
- системная интеграция средств защиты информации в информационные системы любой сложности и территориальной распределенности;
- консалтинг и проектирование в области создания защищенных компьютерных систем и сетей телекоммуникационной связи.