В составе Елабужского государственного музея-заповедника действуют такие уникальные музеи, как Дом-музей И.И. Шишкина ("родовое гнездо семьи Шишкиных"); Музей-усадьба Н.А. Дуровой, первой русской женщины-офицера; Мемориальный комплекс М.И. Цветаевой, включающий в себя Литературный музей М.И. Цветаевой, Дом Памяти М.И. Цветаевой и Библиотеку Серебряного века; Музей уездной медицины им. В.М. Бехтерева (единственный подобного рода музей в России); а также открытый в 2009 году новый музейный объект "Портомойня", рассказывающий об истории развития прачечного дела в России.
Кроме того, в состав Елабужского государственного музея-заповедника входят Музей истории города, Интерактивные мастерские, Музей-театр "Трактир", Выставочный зал, Музей-мастерская декоративно-прикладного искусства, Художественный салон, историко-археологический комплекс "Елабужское городище". Музей Памяти, посвященный 70-летию Победы в Великой Отечественной войне.