Музей возник в связи с переносом города из-за создания Горьковского водохранилища. Первые экспонаты появились в 1953 году, музей был открыт как общественный 30 марта 1957 года, а 15 апреля 1960 года получил статус государственного районного краеведческого музея. Посетителей интересуют, прежде всего, экспонаты, связанные с историей исчезнувшего города, макет старого Пучежа, его фотографии, предметы быта, макеты речных судов.