Основными задачами Фонда являются: проведение государственной политики развития и поддержки малых предприятий в научно-технической сфере; оказание прямой финансовой, информационной и иной помощи малым инновационным предприятиям, реализующим проекты по разработке и освоению новых видов наукоемкой продукции и технологий; создание и развитие инфраструктуры поддержки малого предпринимательства.
Фонд постоянно ведёт мониторинг состояния малого инновационного предпринимательства в стране, анализирует ситуацию, информирует о ней и своей деятельности научно-техническую общественность и Правительство Российской Федерации, формирует соответствующие предложения.
С 2004 года Фонд реализует новую программу "СТАРТ" по финансированию инновационных проектов, находящихся на начальной стадии развития. С момента основания в Фонд подано 6500 проектов от малых предприятий из 50 регионов России. Профинансировано более 2000 проектов на сумму 1,7 млрд. руб. Фонд имеет представительства в 25 регионах России. При финансовой поддержке Фонда в 11 регионах России создано 26 ИТЦ, объединяющих более 250 малых предприятий научно-технической сферы с общим объемом производства более 3 млрд. руб. в год.производства более 3 млрд. руб. в год.