Главное управление осуществляет на территории Алтайского края реализацию государственной политики в сфере охраны здоровья населения и фармацевтической деятельности, организацию управления учреждениями здравоохранения, образовательными медицинскими учреждениями, краевыми государственными аптечными учреждениями и предприятиями.