Основная цель деятельности - выполнение фундаментальных научных исследований и прикладных разработок в области микробиологии, инфектологии и микробной экологии. В Институте создана коллекция непатогенных и патогенных микроорганизмов для производства про- и синбиотиков, получения биологически активных веществ, создания микробных тест-систем, ремедиации нефтезагрязненных территорий и т.д.
Институт оказывает услуги по полногеномному секвенированию микроорганизмов, в том числе промышленных штаммов, по определению состава микроорганизмов в любых объектах, а также услуги по консервации и депонированию штаммов микроорганизмов, характеристике вирулентных и персистентных свойств культур бактерий и грибов. Инвесторам ИКВС УрО РАН предлагает ряд инновационных разработок, среди которых мазь для лечения гнойных ран в зависимости от фазы раневого процесса.
Институт имеет лицензию на образовательную деятельность и предлагает услуги по повышению квалификации врачей-бактериологов.