В институте функционируют 21 кафедра и 6 курсов, имеются два факультета (терапевтический и хирургический), ЦНИЛ, лаборатория медицинской информатики, два компьютерных класса и два класса для проведения мультимедийных презентаций, библиотека, общежитие на 630 мест.
Профессорско-преподавательский состав - 136 человек, среди них 23 доктора и 75 кандидатов медицинских наук; удельный вес преподавателей, имеющих учёную степень - 72%. В институте работают 33 Отличника здравоохранения, 8 Заслуженных врачей РФ, 1 - Заслуженный деятель науки РФ.
Образовательная деятельность проводится по 117 профессиональным образовательным программам (аспирантура - 5; интернатура - 15; ординатура - 33; повышение квалификации - 44; профессиональная переподготовка - 20). Ежегодно в институте повышают свою квалификацию более 4-х тысяч врачей.
Клинические кафедры располагаются на базе 14 ведущих медицинских учреждений г. Пензы; сотрудниками института ежегодно оказывается высококвалифицированная помощь более 31 000 пациентам; ежегодно в практику здравоохранения внедряется от 50 до 95 новых и современных методов диагностики, лечения и профилактики.
Институт является одним из разработчиков приоритетного национального проекта "ЗДОРОВЬЕ". В рамках реализации этого проекта принял участие в двух открытых конкурсах 2006 года и выиграл право ведения образовательной деятельности по подготовке специалистов первичного звена (участковые терапевты, участковые педиатры, врачи общей практики) для 4-х субъектов РФ (Пензенская, Ульяновская, Тамбовская области, Краснодарский край).