Cтруктура компании "Узбекнефтегаз" создана в виде вертикально интегрированной трехуровневой холдинговой компании, предприятия которой осуществляют все виды деятельности, связанные с нефтегазовой отраслью. Высшим органом управления компанией "Узбекнефтегаз" является общее собрание акционеров. наблюдательный совет, избираемый общим собранием акционеров, осуществляет деятельность по координации работы компании. Текущее управление всей финансово-хозяйственной деятельностью компании "Узбекнефтегаз" осуществляется коллегиальным исполнительным органом - правлением.