Основные направления деятельности организации: ОКДЦД является областным лечебным учреждением, осуществляющим лечебно-консультативную, профилактическую, санитарно-просветительную и научно-исследовательскую работу.
Приоритетные направления научно-исследовательской работы:
экологически обусловленные заболевания детей Забайкалья;
этиология и патогенез наиболее распространенных в Забайкалье болезней детей и разработка на этой основе новых медицинских технологий;
региональные стандарты показателей здоровья детей.
На базе ОКДЦД созданы и функционируют образовательные инициативы для родителей и детей: "Астма-школа", "Школа атопического дерматита", "Тиреошкола".