Основным направлением деятельности ФГУ "ГосНИИЭНП" является обеспечение и выполнение федеральных целевых программ по экологической безопасности при уничтожении химического оружия в Российской Федерации, по экологическому мониторингу объектов атомной промышленности и других экологически опасных объектов; обеспечение развития системы научно-технической и информационной поддержки; комплексная оценка и прогнозирование состояния территорий, подверженных антропогенному воздействию. Приоритетным направлением деятельности института является развитие системы экологической регламентации и паспортизации объектов производственной деятельности, а также производимой продукции (создание банков данных и специализированных компьютерных систем, экоаналитической базы для анализа состава сырья, отходов и др.).