Основные научные направления Кубанского государственного университета: Лазерная физика и оптоэлектроника, экология окружающей среды, проблемы механики, археология, мембраны, технология мониторинга природно-техногенной сферы, технология искусственного выращивания ценных пород аквакультуры, науки о Земле, информационные технологии и электроника, химические технологии.