Заповедник создан в 1973 г. Основные направления научной и образовательной деятельности заповедника:
1. Инвентаризация животного и растительного мира заповедника.
2. Комплексные мониторинговые работы по изучению изменений в процессах, протекающих во флоре и фауне юга Восточного Забайкалья.
3. Комплексные исследования горно-таёжной и степной зон Кыринского, Акшинского и Ононского районов.
4. Исследования орнитофауны Чикойского, Улетовского, Хилокского, Петровск-Забайкальского, отчасти Акшинского, Ононского, Борзинского, Балейского, Нерчинского, Сретенского и Читинского районов. Особое внимание уделяется редким видам птиц.
5. Геоботанические и флористические исследования на территории заповедника.
6. Подготовка и реализация программы "Основные направления рационального использования природных ресурсов, охраны окружающей среды и природоохранной деятельности Кыринского района на период до 2005 года".
7. Выпуск периодического издания "Природа Сохондинского заповедника".
8. Выявление ключевых участков для сохранения экосистем и создание здесь охраняемых территорий (в 2003 г. создан заказник "Горная степь").
9. Развитие международного сотрудничества с монгольским Онон-Бальджинским национальным парком.
10. Проведение полевой практики студентов ЗабГПУ на базе заповедника.
11. Эколого-образовательная работа с детьми дошкольных и средних образовательных учреждений.
12. Проведение экологических экскурсий по территории заповедника.