Главными принципами деятельности СО РАН, заложенными с начала его организации, стали:
- комплексность (мультидисциплинарность) научных исследований;
- опережающее развитие по всем основным приоритетным направлениям фундаментальных наук;
- интеграция науки и образования, широкое использование в обучении кадрового потенциала и материальной базы академических институтов; отбор, подготовка и воспроизводство высококвалифицированных кадров для науки, высшей школы и экономики Сибири;
- активное содействие реализации научных достижений в промышленности, прежде всего в Сибирском регионе.